El 24 de octubre de 2008, UGT se personó como acusación en la causa seguida, ante el Juzgado Central de Instrucción nº 5 de la Audiencia Nacional, por los crímenes contra la Humanidad cometidos por el franquismo. Muchas de las víctimas que son objeto de la causa eran hombres y mujeres afiliados al sindicato. El objetivo es: buscar a las personas desaparecidas y recuperar los restos mortales de las personas asesinadas; verificar los hechos y la revelación pública y completa de la verdad; y compatibilizar la actuación judicial penal con la Ley de la Memoria Histórica, en interés siempre de las víctimas. Fines que deben ser asumibles en una sociedad democrática.

Sin embargo, transcurrido más de un año desde que el juez Baltasar Garzón comenzará el proceso, el rumbo judicial de la causa ha adoptado un camino sin sentido. Así, el Tribunal Supremo, en lugar de resolver los recursos pendientes contra el franquismo, entre ellos el presentado por UGT, ha procedido, injustamente, contra el juez Garzón por presunta prevaricación, admitiendo una querella, manifiestamente infundada.

UGT considera que la falta de sobreseimiento y archivo de las actuaciones por presunta prevaricación seguidas contra el Juez Garzón compromete gravemente el prestigio y la consideración de la Justicia en la sociedad española y en el ámbito internacional.